Le Projet Marmotte Alpine

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Félicitations Mariona!

Bonne nouvelle, le nouveau manuscrit de Mariona Ferrandiz-Rovira sur les méthodes de séquençage de loci très polymorphiques est publié dans Heredity! Félicitations à Mariona et ses co-auteurs!

Résumé

L’étude des différents rôles des gens adaptatifs est encore un défi en écologie évolutive et nécessite la détermination de génotypes fiables sur un grand nombre d’individus. Les techniques de séquençage de nouvelle génération permettent le séquençage de ce grand nombre d’individus, mais des rigoureux traitements de données sont nécessaires. Ici, on développe un protocole facile à utiliser qui permet traiter des données obtenus grâce au séquençage de nouvelle génération et on applique ce protocole afin de génotyper quatre loci du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) décrits précédemment qui appartiennent à la classe I et II chez la marmotte Alpine (Marmota marmota). Notre méthodologie nous a permis d’augmenter le nombre de lectures retenues. La qualité de l’assignation de génotypes faite a été évalué en utilisant trois procédures interdépendantes de validation. Un total de 3069 génotypes du CMH on été obtenus sur quatre loci du CMH chez 863 marmottes Alpines avec un taux d’erreur associé à 0.21% par génotype. Le protocole proposé peut être appliqué à tout système génétique et à tout organisme, à exception des loci avec une un nombre variable de copies (à savoir, les gènes avec un nombre variable de copies dans le génotype d’un individu). Nos résultats soulignent le potentiel des techniques de séquençage de nouvelle génération combinées avec une adéquate procédure de traitement de données afin d’obtenir un grand nombre de génotypes très fiables nécessaires à la compréhension de l’évolution des gènes fonctionnels très polymorphes.

Ferrandiz-Rovira, M., T. Bigot, D. Allainé, M-P. Callait-Cardinal and A. Cohas. (2015). Large-scale genotyping of highly polymorphic loci by next-generation sequencing: how to overcome the challenges to reliably genotype individuals? Heredity, 114: 485-493.pdf

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This entry was posted on May 11, 2015 by in Uncategorized.
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