Le Projet Marmotte Alpine

Bienvenue au sein du Projet Marmotte Alpine

Coraline Bichet

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Post-doctorante

courriel: coraline.bichet@gmail.com

tel. : +49 (0)4421 9689 44

Institut für Vogelforschung “Vogelwarte Helgoland”
(Institute of Avian Research)
An der Vogelwarte 21, Wilhelmshaven
D-26386, Germany

Titulaire d’un doctorat en écologie évolutive de l’Université de Bourgogne, Dijon. Mon principal axe de recherche consiste à relier l’écologie comportementale, l’immuno-écologie et l’écologie moléculaire afin de comprendre l’origine et le maintien de la variabilité génétique des populations naturelles.

Projets

Projet actuel

Mon projet actuel (depuis aout 2016) s’appuie sur une étude à long terme d’une colonie de sternes pierregarins (Sterna hirundo) localisée sur la Banter See, sur la côte Nord de l’Allemagne. Les pedigrees et les génotypes microsatellites sont disponibles, constituant une base idéale pour des études de corrélations hétérozygotie-fitness (HFC) utilisant différentes mesures de fitness (survie, succès de reproduction), des oiseaux d’origines différentes (résidents et migrants) et de différentes classes d’âge. Je m’intéresse également aux facteurs (comme le stress) pouvant modifier les compromis d’allocation entre la survie, la reproduction et l’immunité. Des mesures d’hormones de stress ont été développées et les données de reproduction et de survie sont également disponibles. J’aimerais également mesurer différents paramètres immunitaires (humoral, cellulaire et inflammatoire), ainsi que le stress oxydatif.  Chez cette espèce d’oiseau marin  longévive, j’aimerais aussi comprendre comment des facteurs anthropiques (pollution) peuvent impacter la survie, la reproduction et l’immunité, ainsi que les trajectoires d’histoires de vie des jeunes.

Projet passé Diversité génétique intra et inter-populations de la marmotte Alpine (Marmota marmota)

La diversité génétique résulte de l’interaction entre différents processus : certains agissent au niveau de parties du génome, comme les mutations ou les recombinaisons ; d’autres sont indépendants du génome et l’affecte entièrement, comme les processus démographiques. D’autres processus résultent de l’exposition de la diversité génétique à un environnement donné, comme la sélection naturelle ou sexuelle. La contribution de chaque processus dans l’évolution de la diversité génétique reste mal comprise. En se focalisant sur une espèce emblématique, la marmotte alpine (Marmota marmota), je tenterai de démêler le rôle relatif des processus démographiques et sélectifs dans la diversité génétique actuellement observée dans les populations.

OBJECTIF 1 – Evaluer et comprendre la diversité génétique neutre et adaptative – De nombreuses études ont montré que les marmottes présentaient une diversité génétique relativement faible, mais les causes de ce phénomène sont encore méconnues. En utilisant conjointement des marqueurs génétiques neutres et sélectionnés (les gènes du CMH), j’évaluerai et comparerai les caractéristiques génétiques individuelles et populationnelles chez les marmottes vivant dans les Alpes et dans les Pyrénées.

OBJECTIF 2 – Déterminer quelles caractéristiques génétiques sont impliquées dans le choix du partenaire – Le choix du partenaire est généralement supposé être impliqué dans les caractéristiques génétiques du CMH. Ici, nous rechercherons les caractéristiques génétiques impliquées dans le choix du partenaire chez les marmottes alpines.

OBJECTIF 3 – Identifier les facteurs démographiques et les processus sélectifs à l’origine de la diversité génétique –  En utilisant des échantillons fossiles et des données à long terme, nous serons capables d’étudier les variations de diversité génétique à différentes échelles de temps, et donc de comprendre le rôle des événements démographiques dans la diversité génétique actuelle et passée. En comparant la diversité CMH des populations exposées à différentes histoires évolutives et à différentes pressions de sélection (différents niveaux de consanguinité et de pathogènes), nous tenterons de comprendre comment les pressions de sélection et les processus démographiques peuvent impacter les caractéristiques génétiques étudiées.

Projet passé – Ecologie évolutive de la malaria aviaire : effets des caractéristiques de l’hôte et de l’environnement

moineau hoedic canari malaria

Durant mes trois années de thèse, j’ai cherché à déterminer comment l’hôte, l’environnement et leurs interactions pouvaient influencer l’évolution du parasite de la malaria aviaire, en utilisant le moineau domestique (Passer domesticus) et le canari domestique (Serinus canaria) comme modèles.

J’ai notamment pu mettre en évidence qu’une contamination aux métaux lourds augmentait la prévalence en Plasmodium, tandis qu’elle n’avait pas d’effet sur la parasitémie au sein des hôtes (Bichet et al. 2013). Dans une autre étude, j’ai pu montrer que les variations journalières de température expliquaient la majorité des variations de prévalence de Plasmodium,, sans effet sur la parasitémie chez le moineau domestique à l’échelle de la France (Loiseau et al. 2013). Ces analyses climatiques m’ont permis de faire des prédictions sur l’évolution de la prévalence à long terme et suggèrent une augmentation de la prévalence au Nord et à l’Ouest du pays. Parallèlement, j’ai montré que certaines caractéristiques de l’hôte, comme l’âge, le sexe, (Bichet et al. 2013), le statut social (Larcombe et al. 2013), le statut nutritionnel (Cornet et al. 2013), ainsi que les capacités immunitaires (Bichet et al. 2012) avaient un effet sur la parasitémie, mais pas sur la prévalence. Ces travaux semblent démontrer que prévalence et parasitémie sont des caractéristiques parasitaires indépendantes et que la prévalence dépend du contexte environnemental, tandis que la parasitémie dépend des caractéristiques de l’hôte.

J’ai également cherché à savoir comment le niveau de consanguinité et le parasitisme pouvaient influencer les caractéristiques génétiques impliquées dans le choix du partenaire. En suivant une population insulaire de moineau domestique, j’ai trouvé que les femelles choisissaient préférentiellement des mâles génétiquement proches, et que ce choix semblait se baser sur les caractéristiques du génome dans sa globalité, au lieu d’être basé sur les caractéristiques des gènes du Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH, Bichet et al. 2014). De plus, en comparant des populations insulaires et des populations continentales, j’ai pu mettre en évidence que les populations insulaires présentaient une variabilité plus faible et étaient plus différenciées que les populations continentales pour les marqueurs neutres, tandis que la variabilité au niveau des gènes du CMH était maintenue dans les îles. Les niveaux de différenciation sur les gènes du CMH sont plus faibles qu’avec les marqueurs neutres, ce qui semble indiquer l’existence d’une sélection de type balancée sur ces gènes (Bichet et al. in prep).

Publications

Bichet C., Allainé D., Sauzet S. and Cohas A. 2016. Faithful or not: direct and indirect effects of climate on extra-pair paternities in a population of Alpine marmots. Proceedings of the Royal Society B, 283: 20162240. http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2016.2240. pdf

Bichet C., Sauzet S., Averty L., Dupont P., Ferrandiz-Rovira M., Ferrari C., Figueroa I., Tafani M., Rézouki C., López BC., and Cohas, A. 2016. Multiple geographic origins and high genetic differentiation of the Alpine marmots reintroduced in the Pyrenees. Conservation Genetics, 17: 1157–1169. pdf

Bichet C.,  Moodley Y.,  Penn D.J., Sorci G. and Garnier S. 2015. Genetic structure in insular and mainland populations of house sparrows (Passer domesticus) and their hemosporidian parasites. Ecology and Evolution, 5(8): 1639-1652. pdf

Bichet, C., Penn, D., Moodley, Y., Dunoyer, L., Cellier-Holzem, E., Garnier, S., Sorci, G. 2014. Females tend to prefer genetically similar mates in an island population of house sparrows. BMC Evolutionary Biology, 14: 47. pdf

Bichet, C., Sorci, G., Robert, A., Julliard, R., Lendvai, A., Chastel, O., Garnier, S., and Loiseau, C. 2014. Epidemiology of Plasmodium relictum infection in the house sparrow. Journal of Parasitology, 100(1): 59-65. pdf

Larcombe, S., Bichet, C., Cornet, S., Faivre, B., and Sorci, G. 2013. Food availability and competition do not modulate the costs of Plasmodium infection in dominant male canaries. Experimental Parasitology, 135(4): 708-714. pdf

Cornet, S., Bichet, C., Larcombe, S., Faivre, B., and Sorci, G. 2013. Impact of host condition on infection dynamics and parasite virulence in a bird-malaria system. Journal of Animal Ecology, DOI: 10.1111/1365-2656.12113. pdf

Bichet, C., Scheifler, R., Cœurdassier, M., Julliard, R., Sorci, G., and Loiseau, C. 2013. Urbanization, trace metal pollution, and malaria prevalence in the house sparrow. PloSOne, 8(1). pdf

Loiseau, C., Harrigan, R. J., Bichet, C., Julliard, R., Garnier, S., Lendvai, A. Z., Chastel, O., and Sorci, G. 2012. Predictions of avian Plasmodium expansion under climate change. Nature Scientific Reports, 3pdf

Bichet, C., Cornet, S., Larcombe, S., and Gabriele Sorci. 2012. Experimental inhibition of nitric oxide increases Plasmodium relictum (lineage SGS1) parasitaemia. Experimental Parasitology, 132(4): 417-423. pdf

Présentations, Posters

Bichet C., Sorci G., Moodley Y., Penn D. (2012) Malaria aviaire, Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH) et différenciation génétique chez le moineau domestique (Passer domesticus). Réseau Ecologie des Interactions Durable (REID), Rennes, France.

Bichet C., Sorci G., Moodley Y., Penn D. (2012) Malaria aviaire, Complexe Majeur d’Histocompatibilité (CMH) et différenciation génétique chez le moineau domestique (Passer domesticus). Réunion du groupe immuno-écologie du REID, Montpellier, France.

Bichet C. (2011) Choix de partenaire et insularité, étude chez le moineau domestique. Forum des Jeunes Chercheurs, Dijon, France. Prix de la meilleure présentation orale

Bichet C. (2010) Inhibition expérimentale de la production d’oxyde nitrique lors d’une infection par Plasmodium chez le canari domestique (Serinus canaria). Réunion du groupe immuno-écologie du REID, Montpellier, France.

Bichet C., Dunoyer L., Penn D., Moodley Y., Cellier-Holzem E., Sorci G. (2012) Preference for genetically similar mates in an island population of house sparrows (Passer domesticus). Colloque Petit Pois Déridé, Avignon, France. Prix du meilleur poster. pdf

Bichet C., Potts N., Kaufman J., Guitton E., Chaumeil T., Sorci G. (2011) MHC haplotypes and malaria infection in chicken. Conférence Jacques Monod, Roscoff, France. Présentation poster.

Thèse

Bichet C. (2012) Ecologie évolutive de la malaria aviaire : Effets des caractéristiques de l’hôte et de l’environnement. Soutenue le 18 décembre 2012, Université de Bourgogne, Dijon, France. pdf

Vulgarisation

Bichet C. (2012) Insularité et choix de partenaire chez le moineau domestique. Association GNUB, Dijon, France. Séminaire

Bichet C. (2012) Des îles, des nains et des géants. Plume! n°16. Article. pdf

Bichet C. (2012) Modèle Biologique I love you. Plume! n°16. Article. pdf

Bichet C. (2011) Etude de l’insularité chez le moineau domestique LPO Côte d’Or, Dijon, France. Séminaire

Bichet C., Sorci G., Garnier S. (2010) Diversité génétique au sein et entre populations. Alauda, 78(4): 279-288. pdf

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